曾丰 助理教授 硕士生导师

研究领域

    一、细胞异质性与疾病表型的关联性

如同每个人都是独特的个体一样，每颗细胞也都是唯一的。生命科学和医学领域的一个关键问题是：细胞和细胞之间的差异是什么，这些差异和疾病存在什么样的关系？我们课题组结合单细胞多组学、空间组学等高通量技术和基于深度学习的概率建模技术对这类问题展开研究。课题组在细胞分型、细胞和疾病表型的相关性、基于单细胞的多组学数据融合等领域取得了一系列进展。例如，课题组提出了单细胞转录组变化的可分解性理论，开发了单细胞分析工具scPheno用于定位和疾病表型有关的细胞亚群以及基因表达变化。课题组将scPheno应用于基于血液单细胞的COVID-19诊断和病程预测，在无症状感染的检测和重症预警等领域取得了非常显著的效果。

课题组对肿瘤微环境的细胞异质性、复杂疾病的细胞图谱和细胞异质性等方面的研究，以及单细胞多组学和电子病历、医学影像等多种医学信息的融合和临床应用保持浓厚的兴趣。

二、细胞异质性的起源追踪

生命科学和医学领域的另一个关键问题是：细胞和细胞之间的差异是从何而来，这些差异会导致什么结果？课题组采用单细胞多组学的时间序列数据对细胞异质性的起源进行追踪。例如，课题组利用时间序列单细胞转录组测序数据成功地重构了细胞系RAW264.7受LPS刺激后NF-kappaB信号通路的全转录组的基因表达的时间变化。课题组对追踪各类细胞异质性的起源包括胚胎发育、多能干细胞诱导的成败等保持浓厚的兴趣。

三、微生物群落、群体感应与免疫调控

群体感应是最早在微生物研究中发现的调控细胞表型变化的一种重要机制。近年来，越来越多的研究发现群体感应在T细胞的命运抉择、巨噬细胞的免疫响应等免疫过程中也可能发挥着重要的作用。课题组采用单细胞技术、表型分析技术、追踪技术等对群体感应和免疫之间的关系和机制展开研究。

学习经历

2010.9-2014.1，清华大学自动化系，生物信息学，工学博士

2008.9-2010.8，北京邮电大学信息工程学院，工学硕士

2001.9-2005.7，北京邮电大学电信工程学院，工学学士

工作经历

2017.1-至今，厦门大学，航空航天学院，助理教授

2015.1-2016.12，厦门大学，航空航天学院，师资博士后

2014.1-2015.1，厦门大学，信息科学与技术学院，师资博士后

2012.9-2013.3，University of Southern California，Bioinformatics and Computational Biology Program，访问学者(国外导师Ting Chen教授)

2011.9- 2011.11，University of Southern California，Bioinformatics and Computational Biology Program，访问学者(国外导师Ting Chen教授)

代表性成果

1.   Zeng F^#, Kong X, Yang F, Chen T, Han J^#. scPheno: COVID-19 diagnosis and severity prediction with single-cell transcriptional profiles of peripheral blood. In preparation (2022). (#Corresponding authors)

2.   Zhang J, Zhang X, Wang Y, Zeng F^#, Zhao XM^#. MAT2: manifold alignment of single-cell transcriptomes with cell triplets. Bioinformatics 1–7 (2021) doi:10.1093/bioinformatics/btab250. (#Corresponding authors)

3.   Zeng F^#, Wang Z, Wang Y, Zhou J, Chen T^#. Large-scale 16S gene assembly using metagenomics shotgun sequences. Bioinformatics 33, 1447–1456 (2017). (#Corresponding authors)

4.   Zeng F, Jiang R, Chen T. 2013. PyroHMMvar: a sensitive and accurate method to call short indels and SNPs for Ion Torrent and 454 data. Bioinformatics 29:2859-2868.

5.   Zeng F, Jiang R, Chen T. 2013. PyroHMMsnp: a SNP caller for Ion Torrent and 454 sequencing data. Nucleic Acids Research 41:e136.